Питання про застосування амністії суд вирішує за власною ініціативою, ініціативою прокурора, органів дізнання та досудового слідства, органу або установи виконання покарань, а також за ініціативою обвинуваченого, підсудного чи засудженого, їх захисників чи законних представників.
Застосування цього Закону здійснюється щодо:
а) осіб, кримінальні справи та матеріали про злочини яких перебувають у провадженні органів дізнання та досудового слідства, - за поданням цих органів, погодженим з прокурором, або за заявою самої особи, її захисника чи законного представника;
б) осіб, кримінальні справи та матеріали про злочини яких перебувають у провадженні судів і до набрання чинності цим Законом не розглянуті, а також осіб, кримінальні справи про злочини яких розглянуто, але вироки не набрали законної сили, - за ініціативою суду або за заявою самої особи, її захисника чи законного представника;
в) осіб, звільнених від відбування покарання з випробуванням, та осіб, яких засуджено до покарань, не пов'язаних з позбавленням волі, - за поданням органу виконання покарань, погодженим з органом внутрішніх справ, який здійснює контроль за поведінкою засудженого, або за заявою самої особи, її захисника чи законного представника;
г) засуджених, які перебувають у місцях позбавлення волі або відбувають покарання у виді арешту, обмеження волі чи тримання в дисциплінарному батальйоні військовослужбовців, - за поданням начальника кримінально-виконавчої установи, погодженим з відповідною спостережною комісією або службою у справах неповнолітніх, командування дисциплінарного батальйону, військової частини, начальника гарнізону, органів управління Військової служби правопорядку у Збройних Силах України або за заявою самого засудженого, його захисника чи законного представника. До подання додаються довідка про заохочення і стягнення, особова справа засудженого та інші документи, необхідні для вирішення питання про застосування амністії.
Питання про застосування амністії щодо осіб, яких засуджено судами іноземних держав і які відбувають покарання на території України, вирішують відповідні суди України з дотриманням вимог міжнародних договорів України.
Під час розгляду судами справ про застосування амністії участь прокурора в судовому засіданні є обов'язковою.
Якщо розглядається справа про застосування амністії щодо неповнолітньої особи, в судовому засіданні у передбачених законом випадках бере участь її законний представник. Неявка законного представника неповнолітньої особи не перешкоджає розгляду справи, якщо суд не визнає його участь необхідною.
За наявності належним чином оформлених повноважень у судовому засіданні бере участь захисник.