Контроль за виконанням державної цільової програми здійснюється з метою:
забезпечення виконання заходів та завдань програми в установлені строки;
досягнення передбачених цільових показників програми;
забезпечення використання фінансових, матеріально-технічних та інших ресурсів за призначенням.
Контроль за виконанням державної цільової програми здійснює Кабінет Міністрів України шляхом розгляду проміжних, щорічних, заключного звітів про результати виконання державної цільової програми та узагальненого висновку про кінцеві результати виконання програми.
Безпосередній контроль за виконанням заходів і завдань програми, ефективним та цільовим використанням коштів її виконавцями здійснюють державні замовники.
Контроль за цільовим та ефективним використанням бюджетних коштів здійснюють спеціально уповноважені органи державної влади відповідно до закону.