Державне управління у сфері карантину рослин здійснюється Кабінетом Міністрів України, центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері карантину рослин, центральним органом виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері карантину рослин.